PodKletí je regionem mimořádně přírodně cenným. Kromě největšího a nejznámějšího chráněného území, kterým je CHKO Blanský les, navazuje na severu regionu Chráněná krajinná památková zóna Chelčicko-Lomecko, připravuje se chráněná krajinná památková zóna Netolická obora a památkový ústav uvažuje o chránění krajiny i tzv. Čertyňska u Zlaté Koruny. Na západě pak navazuje CHKO Šumava a velmi cenné je i území Vojenského výcvikového prostoru Boletice. Celkem se v naší turistické oblasti se nachází 39 chráněných přírodních památek, z toho 3 národní přírodní rezervace a 13 přírodních rezervací.